Dalam proses awal berdiri Universitas Jayabaya memulai dengan mengelola dua buah Fakultas, yaitu Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi dengan jumlah Mahasiswa Sebelas ( 11 ) orang. Sebagai Rektor Pertama Diangkat Prof. Mr AA Hakim dan sekaligus merangkap sebagai Dekan Fakultas Hukum Universitas Jayabaya.
Kemudian pada Tahun 1961 / 1962 Rektor Universitas Jayabaya diserah terimakan kepada Prof. Dr. H. Moeslim Taher SH. sebagai Rektor Universitas Jayabaya yang ke 2 ( Dua ) menjabat dari Tahun 1962 sampai dengan 1988. Beliau lalu digantikan dengan Prof. Dr. H Tb Achajani Atmakusuma sebagai Pejabat Rektor Universitas Jayabaya pada Tahun 1988. dan secara resmi menjabat Rektor Universitas Jayabaya sejak Tahun 1989 sampai dengan Tahun 1996.
Lalu yang menjabat Posisi Rektor Universitas Jayabaya selanjutnya ialah Bapak. Ir. Syamsu Anwar Ms dari tahun 1996 sampai dengan Tahun 2000, kemudian digantikan kembali oleh Prof. Dr. Hr Taufik Sri Soemantri Martosoewignyo SH. dan dimulai pada Tahun 2008 sampai sekarang sekarang di pimpin oleh Prof. H. Amir Santoso M.Soc. Sc. PHd.
Untuk mengembangkan sumber - sumber dana demi perkembangan Universitas Jayabaya maka diprakarsai untuk di bentuknya Yayasan Universitas Jayabaya yang dikukuhkan Akta Notaris Liem Toeng Kie di Jakarta No. 17 Tanggal 6 Oktober 1960, dan di ubah dengan Akta Notaris Muhamad said Tajoedin di Jakarta, dengan Nomor 221 Tanggal 17 Agustus 1983, dan di salin oleh Notaris Haji Abdul Kadir Usman Tanggal 21 Maret 1997. Dan tercatat sebagai pendiri adalah H. Moeslim Taher dan Yuyun Moeslim Taher.
Yayasan ini selanjutnya berfungsi
melaksanakan pembinaan terhadap Universitas Jayabaya dengan tujuan:
1. Membentuk manusia-manusia pembangunan
yang berjiwa Pancasila, penuh pengabdian serta memiliki rasa tanggung jawab
yang besar terhadap masa depan bangsa dan negara Indonesia.
2. Membentuk manusia yang cakap serta
bertanggung jawab, baik untuk menjalankan tugas yang memerlukan kualifikasi
tinggi maupun untuk mandiri dalam ilmu pengetahuan.
3. Membentuk tenaga-tenaga peneliti yang
mampu mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi,seni, dan kehidupan masyarakat.
Perkembangan usaha Yayasan Jayabaya selanjutnya ditandai oleh pembentukan
unit-unit di lingkungan Universitas Jayabaya, yaitu;
a. Pada tahun 1961 didirikan Akademi
Kepemimpinan Niaga Jayabaya (AKN), dan sejak tahun akademik 1985/1986 AKN
diubah menjadi Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Jayabaya
b. Pada tahun 1962 didirikan Fakultas Ilmu
Sosial dan Ilmu Politik yang terdiri dari dua jurusan yaitu Jurusan
Administrasi Negara dan Jurusan Hubungan Internasional.
c. Pada tahun 1962, didirikan Akademi
Akuntansi Jayabaya, yang merupakan Akademi Akuntansi Swasta pertama di
Indonesia. Sejak tahun Akademi 1985/1986 Akademi Ajun Akuntansi Jayabaya (AAJ)
mendapat status disamakan dengan Program Diploma Tiga (D III).
d. Pada tahun 1971, didirikan Fakultas
Teknik yang mengasuh dua jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Teknik
Mesin. Sejak tahun 1987 fakultas Teknik dikembangkan menjadi dua fakultas,
yaitu:
- Fakultas Teknologi Industri, membina
program S1 dan D3 dengan jurusan yaitu Jurusan Teknik Mesin, Teknik Elektro,
dan Teknik Kimia.
- Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan
membina 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Teknik
Arsitektur. Pada tahun 1985, didirikan Program Diploma Tiga (D III) Teknologi
yang memiliki 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Teknik Mesin.
Pada tahun yang sama (1985), diadakan
penambahan baru Fakultas Ekonomi yaitu Jurusan Akuntansi disamping Jurusan
Manajemen Perusahaan yang telah ada.
Kemudian tahun 1993, Universitas Jayabaya
mengadakan terobosan baru dengan pembentukan Program Pascasarjana dengan 3
(tiga) Program Studi, yaitu Program Studi Magister Manajemen, Program Studi
Magister Hukum dan Program Studi Hubungan Internasional.
Pada tahun 1996, didirikan Akademi
Manajemen Informatika dan Komputer Jayabaya dan pada tahun 2006 berubah menjadi
Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Komputer. Pada tahun 1999, didirikan
Fakultas Ilmu Komunikasi yang terdiri dari 2 (dua) jurusan yaitu, Jurusan Ilmu
Jurnalistik dan Jurusan Ilmu Hubungan Masyarakat. Selain itu pula mulai tahun
2003, Fakultas Ilmu Psikologi dan Doktor Ilmu Hukum telah pula dibuka.
Perkembangan
Universitas, Sekolah Tinggi & Akademi-akademi
Jayabaya memiliki program-program kursus/workshop yang diselenggarakan atas
keinginan dan kebutuhan pasar saat ini terhadap aplikasi ilmu bagi dunia
industri modern. Program-program kursus/workshop yang dimiliki adalah sebagai
berikut:
Program Kursus advokasi. Program ini
terselenggara atas kerjasama Pasca Sarjana Jayabaya dengan Asosiasi Advokasi
Indonesia.
Perkembangan Sarana Pendidikan
Pada saat mendirikan, kegiatan pendidikan
dan administrasi Universitas Jayabaya dilakukan dengan menumpang tempat pada
sekolah swasta. Ruangan-ruangan yang pada pagi dan siang harinya dipergunakan
oleh SD, SLP dan SLTA Swasta di Jalan Salemba Raya 12 Jakarta Pusat.
Oleh sebab itulah kegiatan perkuliahan
baru dapat berlangsung pada sore dan malam hari, dari pukul 17.00 sampai dengan
jam 21.00 WIB. Aliran listrik pada saat itu belum menjangkau bangunan perguruan
swasta tersebut, sehingga satu-satunya alat penerangan yang digunakan adalah
lilin. Barulah beberapa waktu kemudian, keadaan "meningkat" dengan
menggunakan penerangan lampu petromak. Keadaan darurat ini berlangsung selama 4
(empat) tahun.
Keadaan unik tersebut di atas harus
dilengkapi lagi dengan informasi tentang keadaan kesekretariatan yakni bahwa,
selama 3 tahun sejak berdirinya, Universitas Jayabaya menyelenggarakan
pendidikan tanpa memiliki ruangan khusus untuk sekretariat. Barulah pada tahun
akademik 1961/1962 ruangan SMP "UTAMA" dapat dipakai untuk
sekretariat yang dapat digunakan sore hari dengan status menumpang. Pada tahun
1962, sejalan dengan perkembangan Universitas Jayabaya, sebuah ruang
sekretariat dibangun di Jalan Salemba Raya 12 Jakarta Pusat, yang menjadi
tempat pusat kegiatan Pimpinan Universitas Jayabaya selama 15 tahun.
